À l'origine, Spinalonga n’était pas une île - c'était une partie de l'île de Crète. C’est au moment de l'occupation vénitienne que l'île a été séparée de la côte à des fins de défense, et qu’un fort y a été construit. Pendant la domination vénitienne, le sel était récolté dans les marais salants de l'île. L'île a également servi de léproserie. Spinalonga est apparue dans des romans, des séries télévisées et un court métrage.