On peut dire sans trop se tromper que les conditions météorologiques auront une influence majeure sur votre voyage à Khorog, mais rappelez-vous qu'il existe des activités sympas et à prix léger pour vous amuser lorsque le soleil n'est pas de la partie. Les mois les plus chauds sont généralement août et juillet, avec une température moyenne de 13 °C, tandis que les mois les plus froids sont janvier et décembre, avec une moyenne de -10 °C. Le niveau annuel moyen des précipitations à Khorog est de 766 mm.